如果在使用水质检测仪器检测水质时，发现水的颜色变黑，可能是由于水中存在大量的有机物质或者氧化铁。

有机物质是水中最主要的污染源之一，它们可能来自于废水排放、农业活动、工业生产等。如果水中的有机物质浓度很高，会导致水的颜色变黑，这是由于有机物质吸收了光线而产生的。
氧化铁是一种常见的水质污染物，如果水中含有较高浓度的氧化铁，也会导致水的颜色变黑。这是由于氧化铁的存在会吸收光线，而产生的结果是水的颜色变暗，甚至变黑。
另外，使用不当的水质检测仪器也可能导致水的颜色变黑。例如，如果使用的仪器是过期或者已经失效的，或者使用的试剂已经变质，都有可能导致水的颜色变黑。
综上所述，如果在使用水质检测仪器检测水质时，发现水的颜色变黑，需要及时找出问题所在，并采取相应的措施，例如使用新鲜的试剂、更换废水排放源等，以确保检测结果的准确性和水质的安全性。