（一）管理不统一

存在于不同地域的水体具有各自的特征，进行水质监测需要采用不同的方式，而各地区内经济情况、人才储备情况不同，对水质监测站的管理方式不同，且水体通常横跨多个省市，需要不同水质监测站进行协作，进行有序化管理，既有管理不统一会造成管理混乱。

（二）管理结构不当

在不同地域中，水质监测站隶属与政府行政管理，因此水质监测站之间信息、数据的共享受到当地政府的限制，监测体系不独立，管理结构僵硬，在面对新时期的网络信息共享模式和突发性事件时显得无所适从，往往会因管理结构不当造成信息共享不到位，导致管理混乱和反应速度降低。

（三）检测项目不合适

不同水体中污染物及污染情况各不相同，应当根据水体实际情况进行监测项筛选，当前大多数水质监测站囿于形式，没有建立合理的监测管理制度和监测方案，对地下水、给排水等方面未进行监测覆盖，造成人力物力的无效浪费，影响水质监测站工作效率和结果。